AT1G60440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.875 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pantothenate kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
The gene AT1G60440 encodes pantothenate kinase 1. Its molecular function was shown to phosphorylate pantothenate to form 4’-phosphopantothenate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pantothenate kinase 1 (PANK1); FUNCTIONS IN: pantothenate kinase activity; INVOLVED IN: acetyl-CoA biosynthetic process, coenzyme A biosynthetic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fumble (InterPro:IPR011602), Eukaryotic pantothenate kinase (InterPro:IPR004567); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pantothenate kinase 2 (TAIR:AT4G32180.3); Has 1272 Blast hits to 1253 proteins in 425 species: Archae - 2; Bacteria - 436; Metazoa - 318; Fungi - 143; Plants - 93; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 280 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:22266653..22269070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42423.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 383 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDPTQISHLA LDIGGTLIKL VYFSANGDYS EESRNGCSVV KGRLCFAKFE TRKIDDCLEF IRFNILHHSG VQQPNGEGHD KLYVKATGGG AFKFADLFKE 101: KLGILFDKED EMCSLVGGVN FLLKTVPREA FTYLDGQKKF VEIDHNDLYP YLLVNIGSGV SMIKVDGDGK YERISGTSLG GGTFLGLGKL LTKCKSFDEL 201: LELSHHGNNR VIDMLVGDIY GGTDYSKIGL SSTAIASSFG KAISDGKELE DYQPEDVARS LLRMISNNIG QIAYLNALRF GLKRIFFGGF FIRGLEYTMD 301: TISVAVHFWS RGEAKAMFLR HEGFLGALGA FTSYNDQSHN DLKPHHHTVQ RAILNCSGHN FRHIPVTSNL NESETIECSI NLV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)