AT1G12820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : auxin signaling F-box 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Auxin receptor involved in primary and lateral root growth inhibition in response to nitrate. Target of miR393. Induced by nitrate in primary roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
auxin signaling F-box 3 (AFB3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin signaling F-box 2 (TAIR:AT3G26810.1); Has 2450 Blast hits to 1661 proteins in 170 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 823; Fungi - 153; Plants - 1347; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 123 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4368879..4370780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64909.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 577 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNYFPDEVIE HVFDFVASHK DRNSISLVCK SWHKIERFSR KEVFIGNCYA INPERLIRRF PCLKSLTLKG KPHFADFNLV PHEWGGFVHP WIEALARSRV 101: GLEELRLKRM VVTDESLDLL SRSFANFKSL VLVSCEGFTT DGLASIAANC RHLRELDLQE NEIDDHRGQW LNCFPDSCTT LMSLNFACLK GETNVAALER 201: LVARSPNLKS LKLNRAVPLD ALARLMSCAP QLVDLGVGSY ENEPDPESFA KLMTAIKKYT SLRSLSGFLE VAPLCLPAFY PICQNLISLN LSYAAEIQGN 301: HLIKLIQLCK RLQRLWILDS IGDKGLAVVA ATCKELQELR VFPSDVHGEE DNNASVTEVG LVAISAGCPK LHSILYFCKQ MTNAALIAVA KNCPNFIRFR 401: LCILEPHKPD HITFQSLDEG FGAIVQACKG LRRLSVSGLL TDQVFLYIGM YAEQLEMLSI AFAGDTDKGM LYVLNGCKKM RKLEIRDSPF GNAALLADVG 501: RYETMRSLWM SSCEVTLGGC KRLAQNSPRL NVEIINENEN NGMEQNEEDE REKVDKLYLY RTVVGTRKDA PPYVRIL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)