AT3G60630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GRAS family transcription factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HAIRY MERISTEM 2 (HAM2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor GRAS (InterPro:IPR005202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GRAS family transcription factor (TAIR:AT2G45160.1); Has 2330 Blast hits to 2284 proteins in 297 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 2323; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22410496..22412367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68093.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 623 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPLPFEQFQG KGVLGFLDSS SSPGYKIWAN PEKLHGRVEE DLCFVVNNGG FSEPTSVLDS VRSPSPFVSS STTTLSSSHG GPSGGGAAAA TFSGADGKCD 101: QMGFEDLDGV LSGGSPGQEQ SIFRLIMAGD VVDPGSEFVG FDIGSGSDPV IDNPNPLFGY GFPFQNAPEE EKFQISINPN PGFFSDPPSS PPAKRLNSGQ 201: PGSQHLQWVF PFSDPGHESH DPFLTPPKIA GEDQNDQDQS AVIIDQLFSA AAELTTNGGD NNPVLAQGIL ARLNHNLNNN NDDTNNNPKP PFHRAASYIT 301: EALHSLLQDS SLSPPSLSPP QNLIFRIAAY RAFSETSPFL QFVNFTANQT ILESFEGFDR IHIVDFDIGY GGQWASLIQE LAGKRNRSSS APSLKITAFA 401: SPSTVSDEFE LRFTEENLRS FAGETGVSFE IELLNMEILL NPTYWPLSLF RSSEKEAIAV NLPISSMVSG YLPLILRFLK QISPNVVVCS DRSCDRNNDA 501: PFPNGVINAL QYYTSLLESL DSGNLNNAEA ATSIERFCVQ PSIQKLLTNR YRWMERSPPW RSLFGQCGFT PVTLSQTAET QAEYLLQRNP MRGFHLEKRQ 601: SSSPSLVLCW QRKELVTVSA WKC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)