AT1G18660.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.997 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: ATP-dependent peptidase activity, binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: proteolysis; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S16, lon N-terminal (InterPro:IPR003111), Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATP-dependent protease La (LON) domain protein (TAIR:AT1G75460.1); Has 12320 Blast hits to 11867 proteins in 1696 species: Archae - 10; Bacteria - 754; Metazoa - 7268; Fungi - 935; Plants - 1517; Viruses - 81; Other Eukaryotes - 1755 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6421433..6425565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55410.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 486 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNEDSLPPF TLFGLDDVEN YGLVTEADNS LPLDIHNQVF QLVEKGNQSF KESRFEEAIS SYSKANSIKP LDPIVLGNRS AAYIRFGQYL KQRSASISEY 101: KPLNGFDMSM LGELALKDAD KLMSLQSSLV KSYITKACAL MLLERYEVAR DTILSGLQID PFSGPLRSNL QELEKVMPNS MRKTHGMAER SDDFDCTVCL 201: KLLYEPATTP CGHTFCRSCL FQSMDRGNKC PLCRTVIFMT PRTCAVSVTL NNIIEKNFPE EYAERKSEQD TLVHLGNESM PLFVMDVIIP CQKLSLHIFE 301: PRYRLMVRRI MEGNHRMGMV ALDSATGSPV DVACEVEITE CDPLPDGRFV LELESHRRCR IVKAWDQDGY RVAEVEWVKD IPPQSEQGKA DLRELTTSAA 401: SFARSWLDRA KEAARQGDRR RLEILLNVES MIPTPQDPER FSFWLATLTD RRPSERLELL RLQDTGERIK RGLIYLRSVE RGCRMQ |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)