AT5G42270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FtsH extracellular protease family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
VAR1 contains a conserved motif for ATPase and a metalloprotease characteristic to FtsH proteins, and is targeted into chloroplasts. A VAR1-fusion protein synthesized in vitro exhibited ATPase activity and partial metalloprotease activity. This protein is located to the thylakoid membrane and forms a complex with VAR2. FtsH1 (VAR1) and FtsH5 are interchangeable in thylakoid membranes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VARIEGATED 1 (VAR1); FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, ATP-dependent peptidase activity, ATPase activity; INVOLVED IN: photoinhibition, PSII associated light-harvesting complex II catabolic process, protein catabolic process; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M41, FtsH (InterPro:IPR005936), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), Peptidase M41 (InterPro:IPR000642); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FTSH protease 1 (TAIR:AT1G50250.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:16902659..16905102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75236.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 704 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATTSSNPLL LSSNFLGSQI IISAPTPKTT TKSLPFSVIS RKRYQISQSE KLMKSLPSQA ALAALLFSSS SPQALAVNEP VQPPAPTITA EAQSPNLSTF 101: GQNVLMTAPN PQAQSSDLPD GTQWRYSEFL NAVKKGKVER VKFSKDGSVL QLTAVDNRRA TVIVPNDPDL IDILAMNGVD ISVSEGEGGN GLFDFIGNLL 201: FPLLAFGGLF YLFRGGQGGA GGPGGLGGPM DFGRSKSKFQ EVPETGVTFG DVAGADQAKL ELQEVVDFLK NPDKYTALGA KIPKGCLLVG PPGTGKTLLA 301: RAVAGEAGVP FFSCAASEFV ELFVGVGASR VRDLFEKAKS KAPCIVFIDE IDAVGRQRGA GMGGGNDERE QTINQLLTEM DGFSGNSGVI VLAATNRPDV 401: LDSALLRPGR FDRQVTVDRP DVAGRVQILK VHSRGKAIGK DVDYEKVARR TPGFTGADLQ NLMNEAAILA ARRELKEISK DEISDALERI IAGPEKKNAV 501: VSEEKKRLVA YHEAGHALVG ALMPEYDPVA KISIIPRGQA GGLTFFAPSE ERLESGLYSR SYLENQMAVA LGGRVAEEVI FGDENVTTGA SNDFMQVSRV 601: ARQMVERFGF SKKIGQVAVG GAGGNPFLGQ SMSSQKDYSM ATADVVDAEV RELVEKAYVR AKEIITTQID ILHKLAQLLI EKETVDGEEF MSLFIDGQAE 701: LYVS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)