AT3G04870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zeta-carotene desaturase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in the biosynthesis of carotenes and xanthophylls, reduces zeta-carotene to lycopene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
zeta-carotene desaturase (ZDS); FUNCTIONS IN: carotene 7,8-desaturase activity; INVOLVED IN: carotene biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amine oxidase (InterPro:IPR002937), Adrenodoxin reductase (InterPro:IPR000759), Carotene 7,8-desaturase (InterPro:IPR014103); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phytoene desaturase 3 (TAIR:AT4G14210.1); Has 3641 Blast hits to 3625 proteins in 890 species: Archae - 42; Bacteria - 1934; Metazoa - 256; Fungi - 59; Plants - 443; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 905 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1342842..1346189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61637.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 558 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSVVFAAT GSLSVPPLKS RRFYVNSSLD SDVSDMSVNA PKGLFPPEPV PYKGPKLKVA IIGAGLAGMS TAVELLDQGH EVDIYDSRTF IGGKVGSFVD 101: RRGNHIEMGL HVFFGCYNNL FRLMKKVGAE KNLLVKDHTH TFINKDGTIG ELDFRFPVGA PIHGIRAFLV TNQLKPYDKL RNSLALALSP VVKALVDPDG 201: AMRDIRNLDS ISFSDWFLSK GGTRASIQRM WDPVAYALGF IDCDNMSARC MLTIFSLFAT KTEASLLRML KGSPDVYLSG PIKQYITDRG GRIHLRWGCR 301: EILYDKSADG ETYVTGLAIS KATNKKIVKA DVYVAACDVP GIKRLLPKEW RESRFFNDIY ELEGVPVVTV QLRYNGWVTE LQDIELARQL KRAVGLDNLL 401: YTPDADFSCF ADLALASPAD YYIEGQGTLL QCVLTPGDPY MRMPNDKIIE KVAMQVTELF PSSRGLEVTW SSVVKIAQSL YREAPGKDPF RPDQKTPIKN 501: FFLAGSYTKQ DYIDSMEGAT LSGRQASSYI CDAGEELAEL NKKLSSSATA VPDELSLV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)