AT5G15450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : casein lytic proteinase B3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast-targeted Hsp101 homologue. Functions as a molecular chaperone involved in plastid differentiation mediating internal thylakoid membrane formation and conferring thermotolerance to chloroplasts during heat stress. APG6 is constitutively expressed in the root tips, the organ boundary region, the reproductive tissues of mature plants where plastids exist as proplastids, and slightly in the stems and leaves. APG6 expression is upregulated in response to heat shock in various organs, but not in response to other abiotic stresses. Apg6 mutants have a pale-green phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
casein lytic proteinase B3 (CLPB3); FUNCTIONS IN: nucleoside-triphosphatase activity, ATPase activity, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: chloroplast organization, response to heat; LOCATED IN: plastid stroma, chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Clp ATPase, C-terminal (InterPro:IPR019489), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-2 (InterPro:IPR013093), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), Chaperonin clpA/B (InterPro:IPR001270), Chaperonin ClpB (InterPro:IPR017730), Chaperonin ClpA/B, conserved site (InterPro:IPR018368), Clp, N-terminal (InterPro:IPR004176); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: casein lytic proteinase B4 (TAIR:AT2G25140.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:5014399..5018255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 108949.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 968 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATATTTATA AFSGVVSVGT ETRRIYSFSH LQPSAAFPAK PSSFKSLKLK QSARLTRRLD HRPFVVRCEA SSSNGRLTQQ EFTEMAWQSI VSSPDVAKEN 101: KQQIVETEHL MKALLEQKNG LARRIFSKIG VDNTKVLEAT EKFIQRQPKV YGDAAGSMLG RDLEALFQRA RQFKKDLKDS YVSVEHLVLA FADDKRFGKQ 201: LFKDFQISER SLKSAIESIR GKQSVIDQDP EGKYEALEKY GKDLTAMARE GKLDPVIGRD DEIRRCIQIL SRRTKNNPVL IGEPGVGKTA ISEGLAQRIV 301: QGDVPQALMN RKLISLDMGA LIAGAKYRGE FEDRLKAVLK EVTDSEGQII LFIDEIHTVV GAGATNGAMD AGNLLKPMLG RGELRCIGAT TLDEYRKYIE 401: KDPALERRFQ QVYVDQPTVE DTISILRGLR ERYELHHGVR ISDSALVEAA ILSDRYISGR FLPDKAIDLV DEAAAKLKME ITSKPTALDE LDRSVIKLEM 501: ERLSLTNDTD KASRERLNRI ETELVLLKEK QAELTEQWEH ERSVMSRLQS IKEEIDRVNL EIQQAEREYD LNRAAELKYG SLNSLQRQLN EAEKELNEYL 601: SSGKSMFREE VLGSDIAEIV SKWTGIPVSK LQQSERDKLL HLEEELHKRV VGQNPAVTAV AEAIQRSRAG LSDPGRPIAS FMFMGPTGVG KTELAKALAS 701: YMFNTEEALV RIDMSEYMEK HAVSRLIGAP PGYVGYEEGG QLTETVRRRP YSVILFDEIE KAHGDVFNVF LQILDDGRVT DSQGRTVSFT NTVIIMTSNV 801: GSQFILNNTD DDANELSYET IKERVMNAAR SIFRPEFMNR VDEYIVFKPL DREQINRIVR LQLARVQKRI ADRKMKINIT DAAVDLLGSL GYDPNYGARP 901: VKRVIQQNIE NELAKGILRG DFKEEDGILI DTEVTAFSNG QLPQQKLTFK KIESETADAE QEEAAFSK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)