AT5G62790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
1-Deoxy-d-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (DXR) catalyzes the first committed step of the 2-C-methyl-d-erythritol 4-phosphate pathway for isoprenoid biosynthesis. In Arabidopsis, DXR is encoded by a single-copy gene. Arabidopsis DXR is targeted to plastids and localizes into chloroplasts of leaf cells. DXR knockout or strongly silenced lines have a seedling lethal, albino phenotype. Transgenic, partially silenced lines expressing 35S:DXR have a variegated phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (DXR); FUNCTIONS IN: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to light stimulus, isoprenoid biosynthetic process, isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate-independent pathway; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal (InterPro:IPR013512), 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (InterPro:IPR003821), 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal (InterPro:IPR013644); Has 6813 Blast hits to 6813 proteins in 2049 species: Archae - 0; Bacteria - 4206; Metazoa - 6; Fungi - 0; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2492 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25214358..25217292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51966.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 477 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMTLNSLSPA ESKAISFLDT SRFNPIPKLS GGFSLRRRNQ GRGFGKGVKC SVKVQQQQQP PPAWPGRAVP EAPRQSWDGP KPISIVGSTG SIGTQTLDIV 101: AENPDKFRVV ALAAGSNVTL LADQVRRFKP ALVAVRNESL INELKEALAD LDYKLEIIPG EQGVIEVARH PEAVTVVTGI VGCAGLKPTV AAIEAGKDIA 201: LANKETLIAG GPFVLPLANK HNVKILPADS EHSAIFQCIQ GLPEGALRKI ILTASGGAFR DWPVEKLKEV KVADALKHPN WNMGKKITVD SATLFNKGLE 301: VIEAHYLFGA EYDDIEIVIH PQSIIHSMIE TQDSSVLAQL GWPDMRLPIL YTMSWPDRVP CSEVTWPRLD LCKLGSLTFK KPDNVKYPSM DLAYAAGRAG 401: GTMTGVLSAA NEKAVEMFID EKISYLDIFK VVELTCDKHR NELVTSPSLE EIVHYDLWAR EYAANVQLSS GARPVHA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)