AT1G03130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : photosystem I subunit D-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein predicted by sequence similarity with spinach PsaD to be photosystem I reaction center subunit II (PsaD2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
photosystem I subunit D-2 (PSAD-2); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: photosynthesis; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Photosystem I protein PsaD (InterPro:IPR003685); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: photosystem I subunit D-1 (TAIR:AT4G02770.1); Has 509 Blast hits to 509 proteins in 136 species: Archae - 0; Bacteria - 143; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 165; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 198 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:753528..754142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22307.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 204 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATQAAGIFS PAITTTTSAV KKLHLFSSSH RPKSLSFTKT AIRAEKTESS SAAPAVKEAP VGFTPPQLDP NTPSPIFAGS TGGLLRKAQV EEFYVITWNS 101: PKEQIFEMPT GGAAIMREGP NLLKLARKEQ CLALGTRLRS KYKITYQFYR VFPNGEVQYL HPKDGVYPEK ANPGREGVGL NMRSIGKNVS PIEVKFTGKQ 201: SYDL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)