AT4G19700.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SBP (S-ribonuclease binding protein) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: response to gibberellin stimulus; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), S-ribonuclease binding protein, SBP1, pollen (InterPro:IPR017066); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SBP (S-ribonuclease binding protein) family protein (TAIR:AT5G45100.1); Has 639 Blast hits to 639 proteins in 110 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 215; Fungi - 0; Plants - 349; Viruses - 21; Other Eukaryotes - 52 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:10713633..10714635 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33510.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 304 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVQAHHMNI FSQFISPNRD CVKFQENMNH GEFEFTGGEV PLITGESFAV EPLAAKANFN KAESGLSYNF TVPPLSTKRQ RDFQFSDSNA PVKRRSVAFD 101: SSSPSLINVE LVSQIQNQQQ SEIDRFVAQQ TEKLRIEIEA RQQTQTRMLA SAVQNVIAKK LKEKDDEIVR IRNLNWVLQE RVKSLYVENQ IWRDIAQTNE 201: ANANTLRTNL DQVLAQLETF PTASAVVEDD AESSCGSCCG DGGGEAVTAV GGGCKRCGER EASVLVLPCR HLCLCTVCGG SALLRTCPVC DMVMNASVHV 301: NMSS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)