AT1G79110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc ion binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
zinc ion binding; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SBP (S-ribonuclease binding protein) family protein (TAIR:AT3G12920.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29759345..29760586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40087.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 358 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVDAHHLFL SPPQLFSNRE LTMNNNTMEP TSGGFCNNNQ TGYGVVSPFS VPNHTSTTTT ATPPLLHVYG GSDTIPTTAG YYADGATNLD CEFFPLPTRK 101: RSRDSSRSNY HHLLLQNPRS SSCVNAATTT TTTTLFSFLG QDIDISSHMN QQQHEIDRFV SLHLYQMERV KYEIEEKRKR QARTIMEAIE QGLVKRLRVK 201: EEERERIGKV NHALEERVKS LSIENQIWRD LAQTNEATAN HLRTNLEHVL AQVKDVSRGA GLEKNMNEED DAESCCGSSC GGGGEETVRR RVGLEREAQD 301: KAERRRRRMC RNCGEEESCV LLLPCRHLCL CGVCGSSVHT CPICTSPKNA SVHVNMSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)