AT5G45100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.986 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SBP (S-ribonuclease binding protein) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SBP (S-ribonuclease binding protein) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), S-ribonuclease binding protein, SBP1, pollen (InterPro:IPR017066); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SBP (S-ribonuclease binding protein) family protein (TAIR:AT4G19700.1); Has 499 Blast hits to 499 proteins in 82 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 121; Fungi - 2; Plants - 326; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 39 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:18218769..18219741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32550.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 294 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVEARHMNL FSSQYITNRE CVKSQTNMNN GQQIAGGGFP VTIGDRNLQY IDPINSFNKS ESELTAISKR QRDSTFDSDA LIASQKRRAI AFSPASLIDA 101: ELVSQIQQQN SEIDRFVAQQ TETLRIELEA RQRTQTRMLA SAVQNAILKK LKAKDEEIIR MGKLNWVLQE RVKNLYVENQ IWRDLAQTNE ATANNLRSNL 201: EQVLAQVDDL DAFRRPLVEE ADDAESSCGS CDGGDVTAVV NGGCKRCGEL TASVLVLPCR HLCLCTVCGS SALLRTCPVC DMVMTASVHV NMSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)