AT2G26580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plant-specific transcription factor YABBY family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
YABBY5 (YAB5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: High mobility group, superfamily (InterPro:IPR009071), YABBY protein (InterPro:IPR006780); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant-specific transcription factor YABBY family protein (TAIR:AT1G08465.1); Has 458 Blast hits to 449 proteins in 126 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 4; Plants - 444; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11303923..11306739 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18506.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 164 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANSVMATEQ LCYIPCNFCN IILAVNVPCS SLFDIVTVRC GHCTNLWSVN MAAALQSLSR PNFQATNYAV PEYGSSSRSH TKIPSRISTR TITEQRIVNR 101: PPEKRQRVPS AYNQFIKEEI QRIKANNPDI SHREAFSTAA KNWAHFPHIH FGLMLESNKQ AKIA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)