AT1G30210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea, and PCF family 24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
TCP family protein involved in heterochronic regulation of leaf differentiation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea, and PCF family 24 (TCP24); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, TCP (InterPro:IPR005333), CYC/TB1, R domain (InterPro:IPR017888), Transcription factor TCP subgroup (InterPro:IPR017887); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea and PCF transcription factor 2 (TAIR:AT4G18390.2); Has 2035 Blast hits to 1535 proteins in 329 species: Archae - 0; Bacteria - 5; Metazoa - 128; Fungi - 18; Plants - 1446; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 438 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10628754..10629728 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36378.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 324 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEVDEDIELQ KHQEQQSRKL QRFSEDNTGL MRNWNNPSSR IIRVSRASGG KDRHSKVLTS KGLRDRRIRL SVATAIQFYD LQDRLGFDQP SKAVEWLINA 101: ASDSITDLPL LNTNFDHLDQ NQNQTKSACS SGTSESSLLS LSRTEIRGKA RERARERTAK DRDKDLQNAH SSFTQLLTGG FDQQPSNRNW TGGSDCFNPV 201: QLQIPNSSSQ EPMNHPFSFV PDYNFGISSS SSAINGGYSS RGTLQSNSQS LFLNNNNNIT QRSSISSSSS SSSPMDSQSI SFFMATPPPL DHHNHQLPET 301: FDGRLYLYYG EGNRSSDDKA KERR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)