AT3G54710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of yeast CDT1 B homolog of yeast CDT1 B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cyclin-dependent protein kinase. Involved in nuclear DNA replication and plastid division. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homolog of yeast CDT1 B homolog of yeast CDT1 B (CDT1B); FUNCTIONS IN: cyclin-dependent protein kinase activity; INVOLVED IN: chloroplast organization, DNA replication; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA replication factor CDT1-like (InterPro:IPR014939); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homolog of yeast CDT1 A (TAIR:AT2G31270.1); Has 203 Blast hits to 178 proteins in 67 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 106; Fungi - 4; Plants - 70; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 21 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20251885..20254031 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55022.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 486 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSSKIDSE KPVMVSESLF STKTPIKTVK RQIFSSSPKP ESVIKLPERF EILEEFFNGL DTAIRLLKLK GSSTTYANIC PKIEYLTNRI FSYDHLAQMK 101: HIYPEAIELK RVLKFVEDTC CMKPRLHIKL NTDAIVVEDT ICGTKYMELR KVFHSKLVDF RKAHPKDEIP KELLPEPFNS PQRDSYSGIV SVGLGEPKLE 201: VGGFDVHMEE IEQEEQDVNK VIPDSTLSHI ESRIVETPVK DLSTPSKDLS TPIRLMSATP TLQLSKRCIE LTPEGGDDNS LRSTNSLARG PSRSLNFDTF 301: EEDAIEKDDI GNESDDKGIN YEEDGLLQSV KGPSRSLNFD TLEEETIVKD DISNESGDEK SNYEGDNASD DDSLLQSMIE RPKTEPEKHN LPQLVNLIHR 401: VFHSTNRTVI TKEELLYKII ANQINITDRR EVEEQLSLML QLVPDWISET KASSGDLLVR INKMSTAETV RARLEEATSH DISLIY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)