AT4G14700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : origin recognition complex 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes origin of replication complex 1a subunit.The protein contains a PHD domain,binds methylated DNA and appears to function as a transcriptional activator. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
origin recognition complex 1 (ORC1A); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), Zinc finger, PHD-type, conserved site (InterPro:IPR019786), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), Origin recognition complex, subunit 1 (InterPro:IPR020793), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), Bromo adjacent homology (BAH) domain (InterPro:IPR001025), Zinc finger, FYVE/PHD-type (InterPro:IPR011011), Zinc finger, PHD-finger (InterPro:IPR019787); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: origin of replication complex 1B (TAIR:AT4G12620.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8422236..8424665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 91900.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 809 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSLSSKAK TFKSPTKTPT KMYRKSYLSP SSTSLTPPQT PETLTPLRRS SRHVSRKINL GNDPIDLPGK ESVEEINLIR KPRKRTNDIV VAEKSKKKKI 101: DPEVSFSPVS PIRSETKKTK KKKRVYYNKV EFDETEFEIG DDVYVKRTED ANPDEEEEED PEIEDCQICF KSHTNTIMIE CDDCLGGFHL NCLKPPLKEV 201: PEGDWICQFC EVKKSGQTLV VVPKPPEGKK LARTMKEKLL SSDLWAARIE KLWKEVDDGV YWIRARWYMI PEETVLGRQR HNLKRELYLT NDFADIEMEC 301: VLRHCFVKCP KEFSKASNDG DDVFLCEYEY DVHWGSFKRV AELADGDEDS DQEWNGRKEE EIDYSDEEIE FDDEESVRGV SKSKRGGANS RKGRFFGLEK 401: VGMKRIPEHV RCHKQSELEK AKATLLLATR PKSLPCRSKE MEEITAFIKG SISDDQCLGR CMYIHGVPGT GKTISVLSVM KNLKAEVEAG SVSPYCFVEI 501: NGLKLASPEN IYSVIYEGLS GHRVGWKKAL QSLNERFAEG KKIGKENEKP CILLIDELDV LVTRNQSVLY NILDWPTKPN SKLVVLGIAN TMDLPEKLLP 601: RISSRMGIQR LCFGPYNHRQ LQEIISTRLE GINAFEKTAI EFASRKVAAI SGDARRALEI CRRAAEVADY RLKKSNISAK SQLVIMADVE VAIQEMFQAP 701: HIQVMKSVSK LSRIFLTAMV HELYKTGMAE TSFDRVATTV SSICLTNGEA FPGWDILLKI GCDLGECRIV LCEPGEKHRL QKLQLNFPSD DVAFALKDNK 801: DLPWLANYL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)