AT2G25620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA-binding protein phosphatase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes DBP1, a member of the DBP factors (DNA-binding protein phosphatases) featuring sequence-specific DNA-binding and protein phosphatase activity. DBP1 is involved in plant-potyvirus interactions. Loss-of-function of DBP1 renders resistance to potyviruses. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DNA-binding protein phosphatase 1 (DBP1); FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: regulation of defense response to virus; LOCATED IN: protein serine/threonine phosphatase complex; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C, manganese/magnesium aspartate binding site (InterPro:IPR000222), Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein phosphatase 2C family protein (TAIR:AT2G33700.1); Has 7196 Blast hits to 7030 proteins in 671 species: Archae - 12; Bacteria - 774; Metazoa - 1729; Fungi - 719; Plants - 2627; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 1328 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:10903154..10904978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42676.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 392 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEETRGISDP ENGSSSYGGK PPNPLSFSSS SAAAAVYRQT FDGERSLAPC NKRSLVRHSS LVKTMVSDIS VENEFTIEKN KSEFVPATRS GAWSDIGSRS 101: SMEDAYLCVD NFMDSFGLLN SEAGPSAFYG VFDGHGGKHA AEFACHHIPR YIVEDQEFPS EINKVLSSAF LQTDTAFLEA CSLDGSLASG TTALAAILFG 201: RSLVVANAGD CRAVLSRQGK AIEMSRDHKP MSSKERRRIE ASGGHVFDGY LNGQLNVARA LGDFHMEGMK KKKDGSDCGP LIAEPELMTT KLTEEDEFLI 301: IGCDGVWDVF MSQNAVDFAR RRLQEHNDPV MCSKELVEEA LKRKSADNVT AVVVCLQPQP PPNLVAPRLR VHRSFSAEGL KDLQSYLDGL GN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)