AT1G09030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nuclear factor Y, subunit B4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
nuclear factor Y, subunit B4 (NF-YB4); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: intracellular, nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, CBFA/NFYB, DNA topoisomerase (InterPro:IPR003957), Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone (InterPro:IPR003958), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site (InterPro:IPR003956); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nuclear factor Y, subunit B5 (TAIR:AT2G47810.1); Has 1487 Blast hits to 1487 proteins in 249 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 489; Fungi - 373; Plants - 505; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 120 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2908611..2909030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15742.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 139 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTDEDRLLPI ANVGRLMKQI LPSNAKISKE AKQTVQECAT EFISFVTCEA SEKCHRENRK TVNGDDIWWA LSTLGLDNYA DAVGRHLHKY REAERERTEH 101: NKGSNDSGNE KETNTRSDVQ NQSTKFIRVV EKGSSSSAR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)