AT5G38140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nuclear factor Y, subunit C12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
nuclear factor Y, subunit C12 (NF-YC12); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus, intracellular; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone (InterPro:IPR003958), Histone-fold (InterPro:IPR009072); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nuclear factor Y, subunit C6 (TAIR:AT5G50480.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15220377..15222025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22432.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 195 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRPKSSHVR MEPVAPRSHN TMPMLDQFRS NHPETSKIEG VSSLDTALKV FWNNQREQLG NFAGQTHLPL SRVRKILKSD PEVKKISCDV PALFSKACEY 101: FILEVTLRAW MHTQSCTRET IRRCDIFQAV KNSGTYDFLI DRVPFGPHCV THQGVQPPAE MILPDMNVPI DMDQIEEENM MEERSVGFDL NCDLQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)