AT3G23130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Flower-specific gene controlling the boundary of the stamen and carpel whorls. Similar to zinc finger transcription factors. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SUPERMAN (SUP); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: flower development, negative regulation of transcription, specification of floral organ identity; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger protein 11 (TAIR:AT2G42410.1); Has 1049 Blast hits to 1049 proteins in 53 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 37; Fungi - 0; Plants - 1011; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:8242504..8243118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23085.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 204 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MERSNSIELR NSFYGRARTS PWSYGDYDNC QQDHDYLLGF SWPPRSYTCS FCKREFRSAQ ALGGHMNVHR RDRARLRLQQ SPSSSSTPSP PYPNPNYSYS 101: TMANSPPPHH SPLTLFPTLS PPSSPRYRAG LIRSLSPKSK HTPENACKTK KSSLLVEAGE ATRFTSKDAC KILRNDEIIS LELEIGLINE SEQDLDLELR 201: LGFA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)