AT1G68560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha-xylosidase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a bifunctional alpha-l-arabinofuranosidase/beta-d-xylosidase that belongs to family 3 of glycoside hydrolases. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
alpha-xylosidase 1 (XYL1); FUNCTIONS IN: xyloglucan 1,6-alpha-xylosidase activity, xylan 1,4-beta-xylosidase activity, alpha-N-arabinofuranosidase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds; INVOLVED IN: response to cadmium ion, xylan catabolic process, xyloglucan metabolic process; LOCATED IN: apoplast, cell wall, chloroplast, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 31 (InterPro:IPR000322), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glycosyl hydrolases family 31 protein (TAIR:AT3G45940.1); Has 6339 Blast hits to 5059 proteins in 1114 species: Archae - 86; Bacteria - 4145; Metazoa - 817; Fungi - 695; Plants - 269; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 327 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:25734435..25737897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 102404.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 915 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSSSLAF SLSLLLALIL CFSPTQSYKT IGKGYRLVSI EESPDGGFIG YLQVKQKNKI YGSDITTLRL FVKHETDSRL RVHITDAKQQ RWEVPYNLLP 101: REQPPQVGKV IGKSRKSPIT VQEISGSELI FSYTTDPFTF AVKRRSNHET LFNTTSSLVF KDQYLEISTS LPKEASLYGL GENSQANGIK LVPNEPYTLY 201: TEDVSAINLN TDLYGSHPMY MDLRNVGGKA YAHAVLLLNS NGMDVFYRGD SLTYKVIGGV FDFYFIAGPS PLNVVDQYTQ LIGRPAPMPY WSLGFHQCRW 301: GYHNLSVVED VVDNYKKAKI PLDVIWNDDD HMDGHKDFTL NPVAYPRAKL LAFLDKIHKI GMKYIVINDP GIGVNASYGT FQRAMAADVF IKYEGKPFLA 401: QVWPGPVYFP DFLNPKTVSW WGDEIKRFHD LVPIDGLWID MNEVSNFCSG LCTIPEGKQC PSGEGPGWVC CLDCKNITKT RWDDPPYKIN ATGVVAPVGF 501: KTIATSATHY NGVREYDAHS IYGFSETIAT HKGLLNVQGK RPFILSRSTF VGSGQYAAHW TGDNQGTWQS LQVSISTMLN FGIFGVPMVG SDICGFYPQP 601: TEELCNRWIE VGAFYPFSRD HANYYSPRQE LYQWDTVADS ARNALGMRYK ILPFLYTLNY EAHMTGAPIA RPLFFSFPEY TECYGNSRQF LLGSSFMISP 701: VLEQGKTEVE ALFPPGSWYH MFDMTQAVVS KNGKRVTLPA PLNFVNVHLY QNTILPTQQG GLISKDARTT PFSLVIAFPA GASEGYATGK LYLDEDELPE 801: MKLGNGQSTY VDFYASVGNG TMKMWSQVKE GKFALSKGWV IEKVSVLGLR GAGQVSEIQI NGSPMTKKIE VSSKEHTYVI GLEDEEENKS VMVEVRGLEM 901: LVGKDFNMSW KMGIN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)