AT3G47640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes POPEYE (PYE), a bHLH transcription factor regulating response to iron deficiency in Arabidopsis roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
POPEYE (PYE); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: cellular response to iron ion starvation, iron ion homeostasis, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-loop-helix DNA-binding domain (InterPro:IPR001092), Helix-loop-helix DNA-binding (InterPro:IPR011598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein (TAIR:AT4G36060.1); Has 345 Blast hits to 345 proteins in 44 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 15; Fungi - 0; Plants - 321; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17568035..17569101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26945.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 240 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSKTPSTSS DEANATADER CRKGKVPKRI NKAVRERLKR EHLNELFIEL ADTLELNQQN SGKASILCEA TRFLKDVFGQ IESLRKEHAS LLSESSYVTT 101: EKNELKEETS VLETEISKLQ NEIEARANQS KPDLNTSPAP EYHHHHYQQQ HPERVSQFPG LPIFQGPGFQ QSATTLHPPA TVLVLPIQPD PQTQDISEMT 201: QAQQPLMFNS SNVSKPCPRY ASAADSWSSR LLGERLKASE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)