AT5G43010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : regulatory particle triple-A ATPase 4A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
26S proteasome AAA-ATPase subunit RPT4a (RPT4a) mRNA, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
regulatory particle triple-A ATPase 4A (RPT4A); FUNCTIONS IN: ATPase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: proteasome regulatory particle, base subcomplex, proteasome complex, cell wall, nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), 26S proteasome subunit P45 (InterPro:IPR005937); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AAA-type ATPase family protein (TAIR:AT1G45000.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:17248563..17251014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44819.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 399 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTDVDESVRR RTAAVSEYRK KLLQHKELES RVRTARENLR GAKKEFNKTE DDLKSLQSVG QIIGEVLRPL DNERLIVKAS SGPRYVVGCR SKVDKEKLTS 101: GTRVVLDMTT LTIMRALPRE VDPVVYNMLH EDPGNISYSA VGGLGDQIRE LRESIELPLM NPELFLRVGI KPPKGVLLYG PPGTGKTLLA RAIASNIDAN 201: FLKVVSSAII DKYIGESARL IREMFNYARE HQPCIIFMDE IDAIGGRRFS EGTSADREIQ RTLMELLNQL DGFDNLGKVK MIMATNRPDV LDPALLRPGR 301: LDRKIEIPLP NEQSRMDILK IHAAGIAKHG EIDYEAIVKL AEGFNGADLR NICTEAGMFA IRAERDYVIH EDFMKAVRKL SEAKKLESSS HYNADFGKE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)