AT2G33500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : B-box type zinc finger protein with CCT domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
B-box type zinc finger protein with CCT domain; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CCT domain (InterPro:IPR010402), Zinc finger, B-box (InterPro:IPR000315); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: B-box type zinc finger protein with CCT domain (TAIR:AT1G28050.1); Has 3455 Blast hits to 2237 proteins in 130 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 3; Plants - 3332; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 120 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14188159..14190046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44522.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 402 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTSTTESVV ACEFCGERTA VLFCRADTAK LCLPCDQHVH SANLLSRKHV RSQICDNCSK EPVSVRCFTD NLVLCQECDW DVHGSCSSSA THERSAVEGF 101: SGCPSVLELA AVWGIDLKGK KKEDDEDELT KNFGMGLDSW GSGSNIVQEL IVPYDVSCKK QSFSFGRSKQ VVFEQLELLK RGFVEGEGEI MVPEGINGGG 201: SISQPSPTTS FTSLLMSQSL CGNGMQWNAT NHSTGQNTQI WDFNLGQSRN PDEPSPVETK GSTFTFNNVT HLKNDTRTTN MNAFKESYQQ EDSVHSTSTK 301: GQETSKSNNI PAAIHSHKSS NDSCGLHCTE HIAITSNRAT RLVAVTNADL EQMAQNRDNA MQRYKEKKKT RRYDKTIRYE TRKARAETRL RVKGRFVKAT 401: DP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)