AT2G16090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARIADNE 2 (ARI2); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT4G34370.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:6987367..6989822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67802.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 593 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDDNLSGEEE DYYYSSDQES LNGIDNDESV SIPVSSRSNT VKVITKESLL AAQREDLRRV MELLSVKEHH ARTLLIHYRW DVEKLFAVLV EKGKDSLFSG 101: AGVTLLENQS CDSSVSGSSS MMSCDICVED VPGYQLTRMD CGHSFCNNCW TGHFTVKINE GQSKRIICMA HKCNAICDED VVRALVSKSQ PDLAEKFDRF 201: LLESYIEDNK MVKWCPSTPH CGNAIRVEDD ELCEVECSCG LQFCFSCSSQ AHSPCSCVMW ELWRKKCFDE SETVNWITVH TKPCPKCHKP VEKNGGCNLV 301: TCLCRQSFCW LCGEATGRDH TWARISGHSC GRFQEDKEKQ MERAKRDLKR YMHYHNRYKA HIDSSKLEAK LSNNISKKVS ISEKRELQLK DFSWATNGLH 401: RLFRSRRVLS YSYPFAFYMF GDELFKDEMS SEEREIKQNL FEDQQQQLEA NVEKLSKFLE EPFDQFADDK VMQIRIQVIN LSVAVDTLCE NMYECIENDL 501: LGSLQLGIHN ITPYRSNGIE RASDFYSSQN SKEAVGQSSD CGWTSRLDQA LESGKSEDTS CSSGKRARID ESYRNSQTTL LDLNLPAEAI ERK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)