AT1G73400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT3G62470.1); Has 32572 Blast hits to 10552 proteins in 258 species: Archae - 4; Bacteria - 9; Metazoa - 159; Fungi - 256; Plants - 31316; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 828 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:27598106..27599812 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65682.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 568 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMRRLVSYFV RSRFSLHLST TPPQRSALFS HILSSHLDSI QINKKISSFS VHRFCSTTLL NPELEITRIE KVSEDQSLVY CNENDIRTKG SNHAVGILHE 101: AIMANLNAYD DMEKALDESS VDLTTPVVCK ILQRLQYEEK TAFRFFTWAG HQEHYSHEPI AYNEMIDILS STKYKNKQFR IVIDMLDYMK RNNKTVVLVD 201: VLLEILRKYC ERYLTHVQKF AKRKRIRVKT QPEINAFNML LDALCKCGLV KEGEALLRRM RHRVKPDANT FNVLFFGWCR VRDPKKAMKL LEEMIEAGHK 301: PENFTYCAAI DTFCQAGMVD EAADLFDFMI TKGSAVSAPT AKTFALMIVA LAKNDKAEEC FELIGRMIST GCLPDVSTYK DVIEGMCMAE KVDEAYKFLD 401: EMSNKGYPPD IVTYNCFLRV LCENRKTDEA LKLYGRMVES RCAPSVQTYN MLISMFFEMD DPDGAFNTWT EMDKRDCVQD VETYCAMING LFDCHRAKEA 501: CFLLEEVVNK GLKLPYRVFD SFLMRLSEVG NLKAIHKVSE HMKKFYNHSM ARRFALSEKR KSTKLRGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)