AT3G04710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ankyrin repeat family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ankyrin repeat family protein; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: stress-inducible protein, putative (TAIR:AT4G12400.2); Has 102393 Blast hits to 40007 proteins in 1636 species: Archae - 288; Bacteria - 12620; Metazoa - 45538; Fungi - 10843; Plants - 6349; Viruses - 1271; Other Eukaryotes - 25484 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1278229..1280942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49262.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 456 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPDASTALA AREKVQQILN AACTGNLEFL KNVAKQLDEG KDLTKTVESI KDANKRGALH FAAREGQTEI CRYLLEELKL NADAKDETGD TPLVHAARQG 101: QIETVKYLLE QGADPNIASE LGATALHHAA GTGEIELLKE LLSRGVPVDS ESESGTPLIW AAGHDQKNAV EVLLEHNANP NAETEDNITP LLSAVAAGSL 201: SCLELLVKAG AKANVFAGGA TPLHIAADIG NLELINCLLK AGADPNQKDE EGNRPLEVAA ARDNRKVVEI LFPLTTKPET VSDWTVDGIL AHMESNKEQE 301: ENSNKAKSQE TGIKKDLPVV SPEAKAKAAE AKARGQDAFH RKDFQMAIDA YTQAIDFDPT DHTLFSNRSL CWLRLGQAEH ALSDAKACRE LNPDWPKGCF 401: REGAALRLLQ RFDEAANAFY EGVLLSPESK ELIDAFREAV DAGRKFHGKG EVKAKS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)