AT5G66570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PS II oxygen-evolving complex 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein which is an extrinsic subunit of photosystem II and which has been proposed to play a central role in stabilization of the catalytic manganese cluster. In <i>Arabidopsis thaliana</i> the PsbO proteins are encoded by two genes: <i>psbO1</i> and <i>psbO2</i>. PsbO1 is the major isoform in the wild-type. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PS II oxygen-evolving complex 1 (PSBO1); FUNCTIONS IN: oxygen evolving activity, poly(U) RNA binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: in 10 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Photosystem II manganese-stabilising protein PsbO (InterPro:IPR002628); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: photosystem II subunit O-2 (TAIR:AT3G50820.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:26568744..26570124 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35144.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 332 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASLQSTAT FLQSAKIATA PSRGSSHLRS TQAVGKSFGL ETSSARLTCS FQSDFKDFTG KCSDAVKIAG FALATSALVV SGASAEGAPK RLTYDEIQSK 101: TYMEVKGTGT ANQCPTIDGG SETFSFKPGK YAGKKFCFEP TSFTVKADSV SKNAPPEFQN TKLMTRLTYT LDEIEGPFEV ASDGSVNFKE EDGIDYAAVT 201: VQLPGGERVP FLFTVKQLDA SGKPDSFTGK FLVPSYRGSS FLDPKGRGGS TGYDNAVALP AGGRGDEEEL VKENVKNTAA SVGEITLKVT KSKPETGEVI 301: GVFESLQPSD TDLGAKVPKD VKIQGVWYGQ LE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)