AT4G17750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : heat shock factor 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
native protein is a trimer, interacts with HSP70, also with TBP, DNA interaction is modulated by phosphorylation and is heat-shock inducible | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
heat shock factor 1 (HSF1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding (InterPro:IPR000232); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heat shock transcription factor A1D (TAIR:AT1G32330.1); Has 101009 Blast hits to 12266 proteins in 352 species: Archae - 60; Bacteria - 127; Metazoa - 1552; Fungi - 3291; Plants - 964; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 95013 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9869969..9871603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55747.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 495 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFVNFKYFSF FIRTKMDGVT GGGTNIGEAV TAPPPRNPHP ATLLNANSLP PPFLSKTYDM VEDPATDAIV SWSPTNNSFI VWDPPEFSRD LLPKYFKHNN 101: FSSFVRQLNT YGFRKVDPDR WEFANEGFLR GQKHLLKKIS RRKSVQGHGS SSSNPQSQQL SQGQGSMAAL SSCVEVGKFG LEEEVEQLKR DKNVLMQELV 201: KLRQQQQTTD NKLQVLVKHL QVMEQRQQQI MSFLAKAVQN PTFLSQFIQK QTDSNMHVTE ANKKRRLRED STAATESNSH SHSLEASDGQ IVKYQPLRND 301: SMMWNMMKTD DKYPFLDGFS SPNQVSGVTL QEVLPITSGQ SQAYASVPSG QPLSYLPSTS TSLPDTIMPE TSQIPQLTRE SINDFPTENF MDTEKNVPEA 401: FISPSPFLDG GSVPIQLEGI PEDPEIDELM SNFEFLEEYM PESPVFGDAT TLENNNNNNN NNNNNNNNNN NNNTNGRHMD KLIEELGLLT SETEH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)