AT5G19520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.882 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : mechanosensitive channel of small conductance-like 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
mechanosensitive channel of small conductance-like 9 (MSL9); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Membrane protein, At2g17000, predicted (InterPro:IPR016688), Mechanosensitive ion channel MscS (InterPro:IPR006685), Like-Sm ribonucleoprotein (LSM)-related domain (InterPro:IPR010920); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mechanosensitive channel of small conductance-like 10 (TAIR:AT5G12080.3); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6586079..6588771 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 84253.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 742 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAERRVSNGE EVVINVSDKE DSKDPRASPS FNPLASPDSD AGIEKSKPVP PISIPTPEIY KFSGSVHKPP KIPSPEGLVR RKSLSRSIYS KPKSRFGEQQ 101: SFRYDSTREE NGGRSLREQF GAGSFARGSF DRASPNNKSN RSVASAALSK VAEEEPDENE EIYKKVKLHR VKRSGMKPLA FLELVVFMAI LGALIVSLTI 201: DVVNKHTIWG LEFWKWCVLV MVTLSGMLVT NWFMHFVVFI IEKNYLLRKK VLYFVHGLKK NVQVFIWFSL VLIAWICLFD GDVKRTRKTK RFLDFITWTI 301: VSLLVGSILF LVKTFALKVL ASKFNVRNFF ERIQESVFHQ YVLQTLSGPP LIEEAENVGR VPSTGHLSFT RTKDGKVKDK KVIDMGKVHR MKQEKVSAWT 401: MRVLIEAVGT SGISTISSTL DEVNNKKERT DKEITNEMEA VAAAYDVFNN VAKPNHNYIE EDDLLRFMIK EEVDLVLPLI EDADTGKITR KTFTEWVVNV 501: YTSRKTIGHS LNDTKTAVKQ LDKLITGILT VITFIVWMVL LDIASTKLLL VFSSQFLGLA FMIGSTCKNI FESFMFVFVM HPYDVGDRCV VDGVMLLVEE 601: IDLLTTVFLK IDNEKVFYPN SVLISKPISN FYRSPDMGDY VDFGIAFSTP AEKIGCLKGK IGEYLVANSQ HWYPEAQVMV RAIENMNKLV LNILVQHTIN 701: FQVYVEKSLR RTALIIAIKR ILEDLEIDYT LLPQDVNLTG HK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)