AT1G31440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.861 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SH3 domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SH3 domain-containing protein; FUNCTIONS IN: clathrin binding; LOCATED IN: endomembrane system, plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Src homology-3 domain (InterPro:IPR001452); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SH3 domain-containing protein (TAIR:AT4G34660.1); Has 3264 Blast hits to 2883 proteins in 317 species: Archae - 14; Bacteria - 271; Metazoa - 1747; Fungi - 174; Plants - 243; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 803 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11256150..11258479 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49260.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 439 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEAIRKQAAK LREQVARQQQ AVLKHLGHVN ADAVVVDEEE LHCHQKLQDL YSSTKAAKRL QRNIVRGLEG FIATGTKVVE IGLKFAEDFK KYGDENPDAN 101: TPLSRVAHHF GTSYKSVEGE RETLLGVLSE QVCEPIRTMI YSAPLEDARH LVNHYDRLRQ EVEAQATDVL RRRSKLKESD ISEEAYIKLK NSESRLAELK 201: SSMKTLGKEA TKAMLEVDDQ QQNVTSQRLR ALVEAERSYH RNALDILDKL HSEMIAEEEA IGSSPKSLPL HIEDSASLPQ QEPNSNSSGE IKSNPLGKIK 301: ASRREEIKSN PQEVTKPSPK DEMKSSPQEE TKSNHQKEIK SSPQEEIKKS NGSDDHHNHQ LLSQNDSYFL AKVVHPFDAQ APGELSLAVD DYVIVRQVAG 401: TGWSEGEYKG KAGWFPSAYV EKQEKAPASK IVESNSKQQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)