AT1G28490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of 24 Arabidopsis syntaxins. Its mRNA has been shown to be expressed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 61 (SYP61); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Syntaxin 6, N-terminal (InterPro:IPR015260); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 52 (TAIR:AT1G79590.2); Has 935 Blast hits to 902 proteins in 210 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 293; Fungi - 255; Plants - 233; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 146 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:10016433..10017842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27723.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 245 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSAQDPFYI VKEEIQDSID KLQSTFHKWE RISPDMGDQA HVAKELVATC GSIEWQVDEL EKAITVAAKD PSWYGIDEAE LEKRRRWTSN ARTQVRNVKS 101: GVLAGKVSSG AGHASEVRRE LMRMPNSGEA SRYDQYGGRD DDGFVQSESD RQMLLIKQQD EELDELSKSV QRIGGVGLTI HDELVAQERI IDELDTEMDS 201: TKNRLEFVQK KVGMVMKKAG AKGQMMMICF LLVLFIILFV LVFLT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)