AT3G10260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.984 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Reticulon family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Reticulon family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Reticulon (InterPro:IPR003388); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Reticulon family protein (TAIR:AT3G61560.1); Has 1060 Blast hits to 1060 proteins in 78 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 591; Fungi - 0; Plants - 458; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3171413..3172508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27914.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 247 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPDKNIVEDV IGDLVDNFTE TVQKNKHGSS FFEQEDSVSS RFNRLFDRQK PIHHVLGGGK SADVLLWRNK KISASVLMGA TAIWVLFEWI NFHFLSLVCY 101: ALLLGMIAQF VWSNASGFLN RSQSRVPRLV LPKDFFAEVG VAVGKEVNRG LLFLQDLACK GNLKQFLMAV IGLWVAAMVG SCCNFLTVLY IGFVGAHTMP 201: VLYERYEDEV DGFMDSMIMK FHSHYKKLDT GFLSRIPSGK FGLKKRE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)