AT3G58460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RHOMBOID-like protein 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RHOMBOID-like protein 15 (RBL15); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal (InterPro:IPR000449), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote (InterPro:IPR015940), UBA-like (InterPro:IPR009060); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RHOMBOID-like protein 14 (TAIR:AT3G17611.1); Has 3199 Blast hits to 3199 proteins in 1221 species: Archae - 73; Bacteria - 2108; Metazoa - 163; Fungi - 156; Plants - 314; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 382 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:21623374..21626348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44147.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 403 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRPNIVTEAG VQTRVGQWWN AIPFLTSSVV VVCGVIYLIC LLTGYDTFYE VCFLPSAIIS RFQVYRFYTA IIFHGSLLHV LFNMMALVPM GSELERIMGS 101: VRLLYLTVLL ATTNAVLHLL IASLAGYNPF YQYDHLMNEC AIGFSGILFS MIVIETSLSG VTSRSVFGLF NVPAKLYPWI LLIVFQLLMT NVSLLGHLCG 201: ILSGFSYSYG LFNFLMPGSS FFTTIESASW MSSFIRRPKF IMCTGGNPSS YIPTYSAQNT TSSGFSTGNA WRSLSSWLPQ REASNQSSED SRFPGRGRTL 301: STARDPTAPA GETDPNLHAR LLEDSSSPDR LSDATVNTVA DSRQAPIANA AVLPQSQGRV AASEEQIQKL VAMGFDRTQV EVALAAADDD LTVAVEILMS 401: QQA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)