AT4G29330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DERLIN-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DERLIN-1 (DER1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Der1-like (InterPro:IPR007599); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DERLIN-2.2 (TAIR:AT4G04860.1); Has 918 Blast hits to 916 proteins in 241 species: Archae - 0; Bacteria - 22; Metazoa - 340; Fungi - 200; Plants - 147; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 209 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14444937..14446952 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29215.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 266 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSPGEFYNS LPPITKAYGT LCFFTTVATQ LGLVAPVHIA LIPELVLKQF QIWRLITNLF FLGGFSINFG IRLLMIARYG VQLEKGPFER RTADFLWMMI 101: FGSFTLLVLS VIPFFWTPFL GVSLVFMLLY LWSREFPNAN ISLYGLVTLK AFYLPWAMLA LDVIFGSPIM PDLLGIIAGH LYYFLTVLHP LATGKNYLKT 201: PKWVNKIVAR WRIGAPVASV RQAGGVGAAG PGAGGGVGGG GAYSSARAPP ESSNTAFRGR SYRLTD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)