AT5G61790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
onion epidermal cell layer (peroxisomal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : calnexin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
calnexin 1 (CNX1); FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, calcium ion binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Calreticulin/calnexin, P (InterPro:IPR009033), Calreticulin/calnexin (InterPro:IPR001580), Calreticulin/calnexin, conserved site (InterPro:IPR018124), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Calreticulin family protein (TAIR:AT5G07340.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24827394..24829642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60489.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 530 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRQRQLFSVF LLLLAFVSFQ KLCYCDDQTV LYESFDEPFD GRWIVSKNSD YEGVWKHAKS EGHEDYGLLV SEKARKYGIV KELDEPLNLK EGTVVLQYEV 101: RFQEGLECGG AYLKYLRPQE AGWTPQGFDS ESPYSIMFGP DKCGGTNKVH FILKHKNPKS GEYVEHHLKF PPSVPYDKLS HVYTAILKPD NEVRILVDGE 201: EKKKANLLSG EDFEPALIPA KTIPDPEDKK PEDWDERAKI PDPNAVKPED WDEDAPMEIE DEEAEKPEGW LDDEPEEVDD PEATKPEDWD DEEDGMWEAP 301: KIDNPKCEAA PGCGEWKRPM KRNPAYKGKW SSPLIDNPAY KGIWKPRDIP NPDYFELDRP DYEPIAAIGI EIWTMQDGIL FDNILIAKDE KVAETYRQTT 401: WKPKFDVEKE KQKAEEEAAG SADGLKSYQK VVFDLLNKVA DLSFLSAYKS KITELIEKAE QQPNLTIGVL VAIVVVFFSL FLKLIFGGKK AAAPVEKKKP 501: EVAESSKSGD EAEKKEETAA PRKRQPRRDN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)