AT5G42020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
onion epidermal cell layer (peroxisomal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Heat shock protein 70 (Hsp 70) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Luminal binding protein (BiP2) involved in polar nuclei fusion during proliferation of endosperm nuclei. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BIP2; FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: protein folding, response to cadmium ion, response to heat, polar nucleus fusion, response to endoplasmic reticulum stress; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: seedling growth, seed development stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock protein 70, conserved site (InterPro:IPR018181), Heat shock protein Hsp70 (InterPro:IPR001023), Heat shock protein 70 (InterPro:IPR013126); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heat shock protein 70 (Hsp 70) family protein (TAIR:AT5G28540.1); Has 36681 Blast hits to 36078 proteins in 4871 species: Archae - 169; Bacteria - 17752; Metazoa - 3980; Fungi - 1822; Plants - 1284; Viruses - 342; Other Eukaryotes - 11332 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16807697..16810480 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 73565.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 668 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARSFGANST VVLAIIFFGC LFAFSTAKEE ATKLGSVIGI DLGTTYSCVG VYKNGHVEII ANDQGNRITP SWVGFTDSER LIGEAAKNQA AVNPERTVFD 101: VKRLIGRKFE DKEVQKDRKL VPYQIVNKDG KPYIQVKIKD GETKVFSPEE ISAMILTKMK ETAEAYLGKK IKDAVVTVPA YFNDAQRQAT KDAGVIAGLN 201: VARIINEPTA AAIAYGLDKK GGEKNILVFD LGGGTFDVSV LTIDNGVFEV LSTNGDTHLG GEDFDHRIME YFIKLIKKKH QKDISKDNKA LGKLRRECER 301: AKRALSSQHQ VRVEIESLFD GVDLSEPLTR ARFEELNNDL FRKTMGPVKK AMDDAGLQKS QIDEIVLVGG STRIPKVQQL LKDFFEGKEP NKGVNPDEAV 401: AYGAAVQGGI LSGEGGDETK DILLLDVAPL TLGIETVGGV MTKLIPRNTV IPTKKSQVFT TYQDQQTTVS IQVFEGERSL TKDCRLLGKF DLTGVPPAPR 501: GTPQIEVTFE VDANGILNVK AEDKASGKSE KITITNEKGR LSQEEIDRMV KEAEEFAEED KKVKEKIDAR NALETYVYNM KNQVSDKDKL ADKLEGDEKE 601: KIEAATKEAL EWLDENQNSE KEEYDEKLKE VEAVCNPIIT AVYQRSGGAP GAGGESSTEE EDESHDEL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)