AT1G04980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PDI-like 2-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein disulfide isomerase-like (PDIL) protein, a member of a multigene family within the thioredoxin (TRX) superfamily. Transcript levels for this gene are up-regulated in response to three different chemical inducers of ER stress (dithiothreitol, beta-mercaptoethanol, and tunicamycin). AtIRE1-2 does not appear to be required for this response, but the atbzip60 mutant has a diminished response. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PDI-like 2-2 (PDIL2-2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Disulphide isomerase (InterPro:IPR005788), Thioredoxin domain (InterPro:IPR013766), Thioredoxin, conserved site (InterPro:IPR017937), Thioredoxin-like subdomain (InterPro:IPR006662), Thioredoxin-like (InterPro:IPR017936), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PDI-like 2-3 (TAIR:AT2G32920.1); Has 36254 Blast hits to 18629 proteins in 2906 species: Archae - 392; Bacteria - 18066; Metazoa - 5792; Fungi - 2053; Plants - 2624; Viruses - 46; Other Eukaryotes - 7281 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1413869..1416120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48405.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 447 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MERKMYKSTV FPICCLLFAL FDRGNALYGS SSPVLQLTPS NFKSKVLNSN GVVLVEFFAP WCGHCQSLTP TWEKVASTLK GIATVAAIDA DAHKSVSQDY 101: GVRGFPTIKV FVPGKPPIDY QGARDAKSIS QFAIKQIKAL LKDRLDGKTS GTKNGGGSSE KKKSEPSASV ELNSSNFDEL VTESKELWIV EFFAPWCGHC 201: KKLAPEWKKA ANNLKGKVKL GHVNCDAEQS IKSRFKVQGF PTILVFGSDK SSPVPYEGAR SASAIESFAL EQLESNAGPA EVTELTGPDV MEDKCGSAAI 301: CFVSFLPDIL DSKAEGRNKY LEMLLSVADK FKKDPYGFVW VAAGKQPDLE KRVGVGGYGY PAMVALNAKK GAYAPLKSGF EVKHLKDFVK EAAKGGKGNL 401: PIDGTMEIVK TEAWDGKDGE VVDADEFSLE DLMGNDDEAS TESKDDL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)