AT1G09210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
onion epidermal cell layer (peroxisomal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : calreticulin 1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of three Arabidopsis calreticulins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
calreticulin 1b (CRT1b); FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, calcium ion binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to salt stress; LOCATED IN: mitochondrion, endoplasmic reticulum, vacuole; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Calreticulin/calnexin, P (InterPro:IPR009033), Calreticulin/calnexin (InterPro:IPR001580), Calreticulin/calnexin, conserved site (InterPro:IPR018124), Calreticulin (InterPro:IPR009169), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calreticulin 1a (TAIR:AT1G56340.1); Has 5507 Blast hits to 3456 proteins in 438 species: Archae - 6; Bacteria - 291; Metazoa - 2217; Fungi - 528; Plants - 416; Viruses - 176; Other Eukaryotes - 1873 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2973217..2976655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48159.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 424 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKMIPSLVS LILIGLVAIA SAAVIFEERF DDGWENRWVK SEWKKDDNTA GEWKHTAGNW SGDANDKGIQ TSEDYRFYAI SAEFPEFSNK DKTLVFQFSV 101: KHEQKLDCGG GYMKLLSGDV DQKKFGGDTP YSIMFGPDIC GYSTKKVHAI LTYNEANHLI KKDVPCETDQ LTHVYTFILR PDATYSILID NVEKQTGSLY 201: SDWDLLPPKK IKDPSAKKPE DWDEQEYISD PEDKKPDGYD DIPKEIPDTD SKKPEDWDDE EDGEWTAPTI PNPEYMGEWK PKQIKNPNYK GKWEAPLIDN 301: PDFKDDPELY VFPKLKYVGL ELWQVKSGSL FDNVLICDDP DYAKKLADET WGKLKDAEKA AFDEAEKKNE EEESKDAPAE SDAEDEPEDD EGGDDSDSES 401: KAEETKSVDS EETSEKDATA HDEL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)