AT4G03510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.500 plasma membrane 0.500 ASURE: endoplasmic reticulum,plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING membrane-anchor 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
RMA1 encodes a novel 28 kDa protein with a RING finger motif and a C-terminal membrane-anchoring domain that is involved in the secretory pathway. Has E3 ubiquitin ligase activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING membrane-anchor 1 (RMA1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING membrane-anchor 2 (TAIR:AT4G28270.1); Has 3991 Blast hits to 3981 proteins in 266 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2157; Fungi - 553; Plants - 874; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 388 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:1557905..1558654 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28013.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 249 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALDQSFEDA ALLGELYGEG AFCFKSKKPE PITVSVPSDD TDDSNFDCNI CLDSVQEPVV TLCGHLFCWP CIHKWLDVQS FSTSDEYQRH RQCPVCKSKV 101: SHSTLVPLYG RGRCTTQEEG KNSVPKRPVG PVYRLEMPNS PYASTDLRLS QRVHFNSPQE GYYPVSGVMS SNSLSYSAVL DPVMVMVGEM VATRLFGTRV 201: MDRFAYPDTY NLAGTSGPRM RRRIMQADKS LGRIFFFFMC CVVLCLLLF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)