AT3G53760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.749 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GAMMA-TUBULIN COMPLEX PROTEIN 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes GCP4 (gamma-Tubulin Complex Protein 4), required for microtubule organization. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GAMMA-TUBULIN COMPLEX PROTEIN 4 (GCP4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Spc97/Spc98 (InterPro:IPR007259); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: spindle pole body component 98 (TAIR:AT5G06680.1); Has 1249 Blast hits to 1181 proteins in 191 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 551; Fungi - 320; Plants - 155; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 223 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19918182..19922264 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 85912.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 745 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLHELLLALL GFTGDLIVDE REQRKTLGLA FNSDSPLSDE CTFKLAPDIS FIEPSERDLI ERLIKLGFYY RELDRFAKKS RNLSWIRSVT SVHPLERADE 101: LSKQSREKKP SVYRRAIANG IGEILSVYRS AVLHIEQKLL AETTPILATV TEGLNKFFVL FPPLYEVILE IERDDIRGGQ LLNVLNKRCH CGVPELRTCL 201: QRLLWNGHQV MYNQLAAWMV YGILQDPHGE FFIKRQDDGD LDHRSSQEEV SEKLARTSVH ETSLTDWHSG FHISLDMLPD YIPMRLGESI LFAGKAIRVL 301: RNPSPAFQFQ KDKSFQQTMR GSQRIRGFMH SDFPETETEL DADLTGGELL PQSEADKIEA MLKDLKESSE FHKRSFECTV DSVRAIAASH LWQLVVVRAD 401: LNGHLKALKD YFLLEKGDFF QCFLEESRQL MRLPPRQSTG ESDLMVPFQL AATKTIAEED KYFSRVSLRM PSFGVTVRSS QADMVRSKVS LTGKANLTSD 501: TSVDGWDAIA LEYSVDWPMQ LFFTQEVLSK YLKVFQYLIR LKRTQMELEK SWASVMHQDH IESAQHRKDG LNGSTSQQRR QGIRPMWRVR EHMAFLIRNL 601: QFYIQVDVIE SQWKVLQTHI HDSQDFTELV GFHQEYLSAL ISQSFLDIGS VSRILDSIMK LCLQFCWNIE NQESNPNTSE LENIAEEFNK KSNSLYTILR 701: SSKLAGSQRA PFLRRFLLRL NFNSFYEATA RGVLNVVRQR PALPL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)