AT5G04140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glutamate synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a gene whose sequence is similar to ferredoxin dependent glutamate synthase (Fd-GOGAT). Expression in leaves is induced by light and sucrose. Proposed to be involved in photorespiration and nitrogen assimilation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glutamate synthase 1 (GLU1); FUNCTIONS IN: protein binding, glutamate synthase (ferredoxin) activity; INVOLVED IN: positive regulation of glycine hydroxymethyltransferase activity, response to light stimulus, photorespiration; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glutamine amidotransferase, class-II (InterPro:IPR000583), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal (InterPro:IPR002489), Glutamate synthase, central-N (InterPro:IPR006982), Glutamate synthase, central-C (InterPro:IPR002932), Glutamine amidotransferase, type II (InterPro:IPR017932); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutamate synthase 2 (TAIR:AT2G41220.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1130031..1138186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 176762.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1622 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MAMQSLSPVP KLLSTTPSSV LSSDKNFFFV DFVGLYCKSK RTRRRLRGDS SSSSRSSSSL SRLSSVRAVI DLERVHGVSE KDLSSPSALR PQVANLEDIL 0101: SERGACGVGF IANLDNIPSH GVVKDALIAL GCMEHRGGCG ADNDSGDGSG LMSSIPWDFF NVWAKEQSLA PFDKLHTGVG MIFLPQDDTF MQEAKQVIEN 0201: IFEKEGLQVL GWREVPVNVP IVGKNARETM PNIQQVFVKI AKEDSTDDIE RELYICRKLI ERAVATESWG TELYFCSLSN QTIVYKGMLR SEALGLFYLD 0301: LQNELYESPF AIYHRRYSTN TSPRWPLAQP MRFLGHNGEI NTIQGNLNWM QSREASLKAA VWNGRENEIR PFGNPRGSDS ANLDSAAEIM IRSGRTPEEA 0401: LMILVPEAYK NHPTLSVKYP EVVDFYDYYK GQMEAWDGPA LLLFSDGKTV GACLDRNGLR PARYWRTSDN FVYVASEVGV VPVDEAKVTM KGRLGPGMMI 0501: AVDLVNGQVY ENTEVKKRIS SFNPYGKWIK ENSRFLKPVN FKSSTVMENE EILRSQQAFG YSSEDVQMVI ESMASQGKEP TFCMGDDIPL AGLSQRPHML 0601: YDYFKQRFAQ VTNPAIDPLR EGLVMSLEVN IGKRGNILEL GPENASQVIL SNPVLNEGAL EELMKDQYLK PKVLSTYFDI RKGVEGSLQK ALYYLCEAAD 0701: DAVRSGSQLL VLSDRSDRLE PTRPSIPIML AVGAVHQHLI QNGLRMSASI VADTAQCFST HHFACLVGYG ASAVCPYLAL ETCRQWRLSN KTVAFMRNGK 0801: IPTVTIEQAQ KNYTKAVNAG LLKILSKMGI SLLSSYCGAQ IFEIYGLGQD VVDLAFTGSV SKISGLTFDE LARETLSFWV KAFSEDTTKR LENFGFIQFR 0901: PGGEYHSNNP EMSKLLHKAV REKSETAYAV YQQHLSNRPV NVLRDLLEFK SDRAPIPVGK VEPAVAIVQR FCTGGMSLGA ISRETHEAIA IAMNRIGGKS 1001: NSGEGGEDPI RWKPLTDVVD GYSPTLPHLK GLQNGDIATS AIKQVASGRF GVTPTFLVNA DQLEIKVAQG AKPGEGGQLP GKKVSAYIAR LRSSKPGVPL 1101: ISPPPHHDIY SIEDLAQLIF DLHQINPNAK VSVKLVAEAG IGTVASGVAK GNADIIQISG HDGGTGASPI SSIKHAGGPW ELGLTETHQT LIANGLRERV 1201: ILRVDGGLKS GVDVLMAAAM GADEYGFGSL AMIATGCVMA RICHTNNCPV GVASQREELR ARFPGVPGDL VNYFLYVAEE VRGILAQLGY NSLDDIIGRT 1301: ELLRPRDISL VKTQHLDLSY LLSSVGTPSL SSTEIRKQEV HTNGPVLDDD ILADPLVIDA IENEKVVEKT VKICNVDRAA CGRVAGVIAK KYGDTGFAGQ 1401: VNLTFLGSAG QSFGCFLIPG MNIRLIGESN DYVGKGMAGG EIVVTPVEKI GFVPEEATIV GNTCLYGATG GQIFARGKAG ERFAVRNSLA EAVVEGTGDH 1501: CCEYMTGGCV VVLGKVGRNV AAGMTGGLAY LLDEDDTLLP KINREIVKIQ RVTAPAGELQ LKSLIEAHVE KTGSSKGATI LNEWEKYLPL FWQLVPPSEE 1601: DTPEASAAYV RTSTGEVTFQ SA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)