AT1G09340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chloroplast RNA binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes CHLOROPLAST RNA BINDING (CRB), a putative RNA-binding protein. CRB is important for the proper functioning of the chloroplast. Mutations in CRB also affects the circadian system, altering the expression of both oscillator and output genes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chloroplast RNA binding (CRB); FUNCTIONS IN: coenzyme binding, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: in 10 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa (TAIR:AT3G63140.1); Has 5936 Blast hits to 5936 proteins in 1402 species: Archae - 366; Bacteria - 3891; Metazoa - 108; Fungi - 58; Plants - 234; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1276 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3015473..3018035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42622.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKMMMLQQH QPSFSLLTSS LSDFNGAKLH LQVQYKRKVH QPKGALYVSA SSEKKILIMG GTRFIGLFLS RILVKEGHQV TLFTRGKSPI AKQLPGESDQ 101: DFADFSSKIL HLKGDRKDYD FVKSSLSAEG FDVVYDINGR EAEEVEPILE ALPKLEQYIY CSSAGVYLKS DILPHCEEDA VDPKSRHKGK LETESLLQSK 201: GVNWTSIRPV YIYGPLNYNP VEEWFFHRLK AGRPIPVPNS GIQISQLGHV KDLATAFLNV LGNEKASREI FNISGEKYVT FDGLAKACAK AGGFPEPEIV 301: HYNPKEFDFG KKKAFPFRDQ HFFASVEKAK HVLGWKPEFD LVEGLTDSYN LDFGRGTFRK EADFTTDDMI LSKKLVLQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)