AT4G39980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a 2-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase, which catalyzes the first committed step in aromatic amino acid biosynthesis. Gene expression is induced by wounding and pathogenic bacteria Pseudomonas syringae. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase 1 (DHS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DAHP synthetase, class II (InterPro:IPR002480); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Class-II DAHP synthetase family protein (TAIR:AT1G22410.1); Has 3797 Blast hits to 3784 proteins in 681 species: Archae - 0; Bacteria - 1224; Metazoa - 0; Fungi - 110; Plants - 172; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2291 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18539654..18541832 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57982.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 525 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALSNASSLS TRSIYGGDLS HRPSNRQSSF TFHPAVNTKP KSVNLVTAVH AAEPARNAVS VKESVASSSS GALKWTPESW KLKKALQLPD YPNANELESV 101: LKTIEAFPPI VFAGEARNLE ERLADAAVGK AFLLQGGDCA ESFKEFNATN IRDTFRVLLQ MSIVLTFGGQ VPVIKVGRMA GQFAKPRSDA FEEKDGVKLP 201: SYKGDNINGD TFDEKSRIPD PNRMIRAYTQ SAATLNLLRA FATGGYAAIQ RVTQWNLDFV EQSEQADRYQ ELANRVDEAL GFMSACGLGT DHPLMTTTDF 301: YTSHECLLLP YEQSLTRLDS TSGLYYDCSA HMVWCGERTR QLDGAHVEFL RGIANPLGIK VSNKMDPFEL VKLVEILNPN NKPGRITVIV RMGAENMRVK 401: LPHLIRAVRR SGQIVTWVCD PMHGNTIKAP CGLKTRAFDS ILAEVRAFLD VHEQEGSHAG GIHLEMTGQN VTECIGGSRT VTYDDLSSRY HTHCDPRLNA 501: SQSLELAFIV AERLRKRRTG SQRVS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)