AT3G54640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tryptophan synthase alpha chain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Catalyzes the conversion of indole-3-glycerolphosphate to indole, the penultimate reaction in the biosynthesis of tryptophan. Functions as a heterocomplex with tryptophan synthase beta subunit (TSA2). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tryptophan synthase alpha chain (TSA1); FUNCTIONS IN: tryptophan synthase activity; INVOLVED IN: tryptophan biosynthetic process, defense response to bacterium, defense response by callose deposition in cell wall; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tryptophan synthase, alpha chain, active site (InterPro:IPR018204), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Ribulose-phosphate binding barrel (InterPro:IPR011060), Tryptophan synthase, alpha chain (InterPro:IPR002028); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Aldolase-type TIM barrel family protein (TAIR:AT4G02610.1); Has 7625 Blast hits to 7625 proteins in 2261 species: Archae - 218; Bacteria - 4541; Metazoa - 6; Fungi - 175; Plants - 137; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2548 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20223331..20225303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33201.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 312 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIAFKSGVF FLQSPKSQIG FRHSSPPDSS LSFKRFTPMA SLSTSSPTLG LADTFTQLKK QGKVAFIPYI TAGDPDLSTT AEALKVLDAC GSDIIELGVP 101: YSDPLADGPV IQAAATRSLE RGTNLDSILE MLDKVVPQIS CPISLFTYYN PILKRGLGKF MSSIRAVGVQ GLVVPDVPLE ETEMLRKEAL NNDIELVLLT 201: TPTTPTERMK LIVDASEGFI YLVSSIGVTG ARSSVSGKVQ SLLKDIKEAT DKPVAVGFGI SKPEHVKQIA GWGADGVIVG SAMVKLLGDA KSPTEGLKEL 301: EKLTKSLKSA LL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)