AT5G66280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GDP-D-mannose 4,6-dehydratase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
GDP-D-mannose 4,6-dehydratase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GDP-D-mannose 4,6-dehydratase 1 (GMD1); FUNCTIONS IN: protein binding, GDP-mannose 4,6-dehydratase activity; INVOLVED IN: cellular metabolic process, GDP-mannose metabolic process, nucleotide-sugar metabolic process, metabolic process; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: inflorescence meristem, root, flower; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), GDP-mannose 4,6-dehydratase (InterPro:IPR006368); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein (TAIR:AT3G51160.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:26476434..26477519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40852.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 361 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASRSLNGDS DIVKPRKIAL VTGITGQDGS YLTEFLLEKG YEVHGLIRRS SNFNTQRLNH IYVDPHNVNK ALMKLHYGDL SDASSLRRWL DVIKPDEVYN 101: LAAQSHVAVS FEIPDYTADV VATGALRLLE AVRSHNIDNG RAIKYYQAGS SEMFGSTPPP QSETTPFHPR SPYAASKCAA HWYTVNYREA YGLYACNGIL 201: FNHESPRRGE NFVTRKITRA LGRIKVGLQT KLFLGNIQAS RDWGFAGDYV EAMWLMLQQE KPDDYVVATE ESHTVKEFLD VSFGYVGLNW KDHVEIDKRY 301: FRPTEVDNLK GDASKAKEML GWKPKVGFEK LVKMMVDEDL ELAKREKVLA DAGYMDAQQQ P |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)