AT3G28030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 5'-3' exonuclease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Required for repair of pyrimidine-pyrimidinone (6-4) dimers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ULTRAVIOLET HYPERSENSITIVE 3 (UVH3); FUNCTIONS IN: protein binding, nuclease activity; INVOLVED IN: DNA repair, response to UV-B, response to heat, non-photoreactive DNA repair; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: stem, leaf whorl, seed; EXPRESSED DURING: E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: XPG conserved site (InterPro:IPR019974), Xeroderma pigmentosum group G protein (InterPro:IPR001044), XPG N-terminal (InterPro:IPR006085), DNA repair protein (XPGC)/yeast Rad (InterPro:IPR006084), 5'-3' exonuclease, C-terminal subdomain (InterPro:IPR020045), Helix-hairpin-helix motif, class 2 (InterPro:IPR008918), XPG/RAD2 endonuclease (InterPro:IPR006086); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 5'-3' exonuclease family protein (TAIR:AT1G01880.1); Has 8115 Blast hits to 5779 proteins in 624 species: Archae - 528; Bacteria - 414; Metazoa - 2441; Fungi - 1496; Plants - 576; Viruses - 71; Other Eukaryotes - 2589 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10424321..10431178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 165677.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1479 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MGVQGLWELL APVGRRVSVE TLANKRLAID ASIWMVQFIK AMRDEKGDMV QNAHLIGFFR RICKLLFLRT KPIFVFDGAT PALKRRTVIA RRRQRENAQT 0101: KIRKTAEKLL LNRLKDIRLK EQAKDIKNQR LKQDDSDRVK KRVSSDSVED NLRVPVEEDD VGASFFQEEK LDEVSQASLV GETGVDDVVK ESVKDDPKGK 0201: GVLLDGDDLD NLVQDSSVQG KDYQEKLDEM LAASLAAEEE RNFTSKASTS AAAIPSEEDE EEDSDGDEEI LLPVMDGNID PAVLASLPPS MQLDLLAQMR 0301: EKLMAENRQK YQKVKKAPEK FSELQIEAYL KTVAFRREIN EVQRSAGGRA VGGVQTSRIA SEANREFIFS SSFAGDKEVL ASAREGRNDE NQKKTSQQSL 0401: PVSVKNASPL KKSDATIELD RDEPKNPDEN IEVYIDERGR FRIRNRHMGI QMTRDIQRNL HLMKEKERTA SGSMAKNDET FSAWENFPTE DQFLEKSPVE 0501: KDVVDLEIQN DDSMLHPPSS IEISFDHDGG GKDLNDEDDM FLQLAAGGPV TISSTENDPK EDTSPWASDS DWEEVPVEQN TSVSKLEANL SNQHIPKDIS 0601: IAEGVAWEEY SCKNANNSVE NDTVTKITKG YLEEEADLQE AIKKSLLELH DKESGDVLEE NQSVRVNLVV DKPSEDSLCS RETVGEAEEE RFLDEITILK 0701: TSGAISEQSN TSVAGNADGQ KGITKQFGTH PSSGSNNVSH AVSNKLSKVK SVISPEKALN VASQNRMLST MAKQHNEEGS ESFGGESVKV SAMPIADEEI 0801: TGFLDEKDNA DGESSIMMDD KRDYSRRKIQ SLVTESRDPS RNVVRSRIGI LHDTDSQNER REENNSNEHT FNIDSSTDFE EKGVPVEFSE ANIEEEIRVL 0901: DQEFVSLGDE QRKLERNAES VSSEMFAECQ ELLQIFGIPY IIAPMEAEAQ CAFMEQSNLV DGIVTDDSDV FLFGARSVYK NIFDDRKYVE TYFMKDIEKE 1001: LGLSRDKIIR MAMLLGSDYT EGISGIGIVN AIEVVTAFPE EDGLQKFREW VESPDPTILG KTDAKTGSKV KKRGSASVDN KGIISGASTD DTEEIKQIFM 1101: DQHRKVSKNW HIPLTFPSEA VISAYLNPQV DLSTEKFSWG KPDLSVLRKL CWEKFNWNGK KTDELLLPVL KEYEKRETQL RIEAFYSFNE RFAKIRSKRI 1201: NKAVKGIGGG LSSDVADHTL QEGPRKRNKK KVAPHETEDN NTSDKDSPIA NEKVKNKRKR LEKPSSSRGR GRAQKRGRGR GRVQKDLLEL SDGSSDDDDD 1301: DDKVVELEAK PANLQKSTRS RNPVMYSAKE DDELDESRSN EGSPSENFEE VDEGRIGNDD SVDASINDCP SEDYIQTGGG FCADEADEIG DAHLEDKATD 1401: DYRVIGGGFC VDEDETAEEN TMDDDAEILK MESEEQRKKG KRRNEEDASL DENVDIHFGN SSAGGLSAMP FLKRKKRKN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)