AT3G20330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PYRIMIDINE B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes aspartate carbamoyltransferase catalyzing the second step in the de novo pyrimidine ribonucleotide biosynthesis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PYRIMIDINE B (PYRB); FUNCTIONS IN: amino acid binding, protein binding, aspartate carbamoyltransferase activity, carboxyl- or carbamoyltransferase activity; INVOLVED IN: cellular response to phosphate starvation, pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process, cellular amino acid metabolic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding (InterPro:IPR006132), Aspartate/ornithine carbamoyltransferase (InterPro:IPR006130), Aspartate carbamoyltransferase, eukaryotic (InterPro:IPR002082), Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain (InterPro:IPR006131); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ornithine carbamoyltransferase (TAIR:AT1G75330.1); Has 16843 Blast hits to 16841 proteins in 2894 species: Archae - 534; Bacteria - 10902; Metazoa - 218; Fungi - 284; Plants - 116; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 4783 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7090354..7091904 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43169.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 390 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSIASSLTSA TLCGASVFPK ALACSSEFPI NLPSPFESSK ICLTSFPASR DLKKNATLNL TRNVGPVRCH AMQAGTRELK KFELSDVIEG KQFDREMLSA 101: IFDVAREMEK IEKSSSQSEI LKGYLMATLF YEPSTRTRLS FESAMKRLGG EVLTTENARE FSSAAKGETL EDTIRTVEGY SDIIVMRHFE SGAARKAAAT 201: ANIPVINAGD GPGEHPTQAL LDVYTIQSEI GKLDGISVAL VGDLANGRTV RSLAYLLAKF KDVKIYFVSP EIVKMKDDIK DYLTSSGVEW EESSDLMEVA 301: SKCDVVYQTR IQRERFGERL DLYEAARGKY IVDKDLLGVM QKKAIIMHPL PRLDEITADV DADPRAAYFR QAKNGLFIRM ALLKLLLVGW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)