AT4G01560.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.997 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal RNA processing Brix domain protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
maternal effect embryo arrest 49 (MEE49); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Brix domain (InterPro:IPR007109); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal RNA processing Brix domain protein (TAIR:AT1G63780.1); Has 893 Blast hits to 882 proteins in 227 species: Archae - 2; Bacteria - 0; Metazoa - 265; Fungi - 337; Plants - 121; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 168 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr4:-:677266..679164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 39849.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 10.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 343 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGFKRKKDDG DGEEMESDVR GKSTFSGGEK RNVILPSMIK NKDKRSKVYA KQKHEKKLEK QKKIRARDAA EKRALELGEE PPQKMIPKTI ENTRESDETV 101: CRPDDEELFA DIDADEFNPV LRREIAPKVL LTTCRFNSTR GPALISELLS VIPNSHYQKR GTYDLKKIVE YATKKDFTSL IVVHTNRREP DALLIIGLPN 201: GPTAHFKLSN LVLRKDIKNH GNPTSHQPEL VLNNFTTRLG NRVGRFFQSL FPPDPNFRGR RVVTFHNQRD FIFFRHHRYI FETKESKSDK GKEETIKPRL 301: QECGPRFTLK LVTLQHGTFD TKGGEFEWVH KPEMDTSRRR FFL |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)