AT2G41740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.959 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : villin 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with high homology to animal villin. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
villin 2 (VLN2); FUNCTIONS IN: actin binding, protein binding; INVOLVED IN: cytoskeleton organization; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Gelsolin (InterPro:IPR007122), Villin headpiece (InterPro:IPR003128), Gelsolin domain (InterPro:IPR007123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: villin 3 (TAIR:AT3G57410.1); Has 3753 Blast hits to 2353 proteins in 268 species: Archae - 0; Bacteria - 52; Metazoa - 2426; Fungi - 285; Plants - 242; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 746 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17410962..17416878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 107848.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 976 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTKVLDPAF QGAGQKPGTE IWRIENFEAV PVPKSEHGKF YMGDTYIVLQ TTQNKGGAYL FDIHFWIGKD TSQDEAGTAA VKTVELDAVL GGRAVQHREI 101: QGHESDKFLS YFKPCIIPLE GGVASGFKTV EEEVFETRLY TCKGKRAIRL KQVPFARSSL NHDDVFILDT EEKIYQFNGA NSNIQERAKA LEVVQYLKDK 201: YHEGTCDVAI VDDGKLDTES DSGAFWVLFG GFAPIGRKVA NDDDIVPEST PPKLYCITDG KMEPIDGDLS KSMLENTKCY LLDCGAEIYI WVGRVTQVDE 301: RKAASQSAEE FLASENRPKA THVTRVIQGY ESHSFKSNFD SWPSGSATPG NEEGRGKVAA LLKQQGVGLK GIAKSAPVNE DIPPLLESGG KLEVWYVNGK 401: VKTPLPKEDI GKLYSGDCYL VLYTYHSGER KDEYFLSCWF GKKSIPEDQD TAIRLANTMS NSLKGRPVQG RIYEGKEPPQ FVALFQPMVV LKGGLSSGYK 501: SSMGESESTD ETYTPESIAL VQVSGTGVHN NKAVQVETVA TSLNSYECFL LQSGTSMFLW HGNQSTHEQL ELATKVAEFL KPGITLKHAK EGTESSTFWF 601: ALGGKQNFTS KKASSETIRD PHLFSFAFNR GKFQVEEIYN FAQDDLLTED IYFLDTHAEV FVWVGQCVEP KEKQTVFEIG QKYIDLAGSL EGLHPKVPIY 701: KINEGNEPCF FTTYFSWDAT KAIVQGNSFQ KKASLLFGTH HVVEDKSNGG NQGLRQRAEA LAALNSAFNS SSNRPAYSSQ DRLNESHDGP RQRAEALAAL 801: SSAFNSSSSS TKSPPPPRPV GTSQASQRAA AVAALSQVLV AENKKSPDTS PTRRSTSSNP ADDIPLTEAK DEEEASEVAG LEAKEEEEVS PAADETEAKQ 901: ETEEQGDSEI QPSGATFTYE QLRAKSENPV TGIDFKRREA YLSEEEFQSV FGIEKEAFNN LPRWKQDLLK KKFDLF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)